公司成立于2008年7月，原名淮安市清元国有资产管理公司，是由淮安市政府出资组建的国有（法人独资）内资企业，主要承担授权范围内的国有资产投资、管理和运营。
　　2012年6月，公司更名为淮安市清元科技产业有限公司，注册资本10300万元。经营范围为：软硬件科技开发；电子元件、家用电器、通讯设备、电脑、建材、机械设备、办公设备、日用百货、服装、农副产品销售；国有资产投资与管理；企业管理服务；投资项目管理；园林绿化工程施工；旅游饭店住宿服务；物业管理；保洁服务；教育培训等。
　　2013年5月，淮安市清元科技产业有限公司100%国有股权10300万元无偿划转给淮安市白马湖投资发展有限公司，划转后的市清元科技产业有限公司作为子公司，具有独立法人资格。
　　2020年9月，淮安市白马湖投资发展有限公司以出资和股权划拨方式对清元科技产业有限公司进行增资，公司注册资本为12625万元人民币。
　　2021年7月23日,市政府《关于组建(重组)市属企业的通知》(淮政发〔2021〕16号),市白马湖公司并入淮安市文化旅游集团股份有限公司(以下简称“市文旅集团”),市文旅集团和白马湖公司为一套班子两块牌子。淮安市清元科技产业有限公司成为市文旅集团（市白马湖公司）的子公司。